Úkryty pro netopýry představují ochranu před predátory, nevlídným počasím a umožňují jim udržovat optimální mikroklima, což je vhodná kombinace teploty, vlhkosti a proudění vzduchu.
Jako původní úkryty jim sloužily zejména jeskyně, stromové dutiny nebo prostory pod kůrou a skalní štěrbiny. Kromě toho netopýři často osídlují prostory vybudované lidmi, kde jsou podmínky podobné podmínkám přirozených úkrytů.
Budovy jsou důležitým typem úkrytu, který letouni mohou využívat jak v letním období, tak při jarních a podzimních přeletech, nebo také během hibernace. V budovách je můžeme nalézt na půdách, ve sklepích, za okenicemi, podbitím apod.
Jeskyně zaručují letounům stabilní mikroklima během celého dne i noci. Zatímco v jeskyních jižní Evropy se netopýři vyskytují celoročně, v našich podmínkách je výskyt letních kolonií v podzemí jen ojedinělý a letouni využívají jeskyně především pro účely zimování a jako přechodné úkryty v období přeletů.
Netopýři využívají jako úkryty škvíry pod kůrou stromů či dutiny ve stromech. Pobyt v dutinách je dočasný, protože se po čase zaplní netopýřím trusem. Stromové dutiny mohou být výjimečně využívány jako místa k přezimování. Alternativní náhradou za stromové dutiny, kterých v dnešní době ubývá, mohou být vyvěšené ptačí budky anebo speciální budky pro netopýry.
